Отдел Государственного ветеринарного контроля на государственной границе РФ и транспорте осуществляет охрану территории РФ от заноса из иностранных государств особо опасных болезней, общих для человека и животных, контрольно-надзорную деятельность по соблюдению владельцами грузов, подконтрольных госветнадзору, ветеринарных требований РФ и ветеринарно-санитарных правил при международных и внутригосударственных перевозках всеми видами транспорта и отправления.

Отдел возглавляет Карелин Максим Михайлович.

Отдел внутреннего ветеринарного надзора и лабораторного контроля осуществляет деятельность по контролю и надзору за выполнением ветеринарных правил в сфере разведения и содержания животных, оборота продукции животного происхождения, кормов и кормовых добавок, лекарственных средств для животных, соблюдением порядка оформления ветеринарных сопроводительных документов на подконтрольные грузы, а также за проведением противоэпизоотических мероприятий.

Отдел возглавляет Никулина Надежда Ивановна.

Отдел государственного фитосанитарного надзора осуществляет функции по контролю и надзору в сфере карантина и защиты растений, а также в сфере семеноводства, реализует отдельные установленные законодательными и нормативными правовыми актами Российской Федерации задачи и функции Россельхознадзора.

Отдел возглавляет Пикулев Константин Александрович.

Отдел государственного земельного надзора осуществляет контроль за соблюдением требований земельного законодательства в отношении земель сельскохозяйственного назначения, оборот которых регулируется Федеральным законом от 24 июля 2002 г. N 101-ФЗ «Об обороте земель сельскохозяйственного назначения», в пределах своей компетенции, а также осуществляет функции по контролю и надзору в сфере обеспечения качества и безопасности зерна, крупы, комбикормов и компонентов для их производства, побочных продуктов переработки зерна.

Отдел возглавляет Стуканов Андрей Александрович.

Отдел государственной службы, кадров и правовой работы занимается решением вопросов организации подбора и расстановки кадров в Управлении, обеспечения укомплектованности кадрами согласно структуре и штатному расписанию Управления, осуществления контроля за прохождением государственной гражданской службы должностными лицами Управления. Организует и обеспечивает работу по формированию кадрового резерва Управления. Обеспечивает деятельность комиссии по соблюдению требований к служебным спорам, поведению государственных гражданских служащих, урегулированию конфликтов интересов.

Отдел финансового обеспечения, закупочной и хозяйственной деятельности является структурным подразделением Сибирского межрегионального управления Россельхознадзора и создан для ведения бухгалтерского и финансового учета хозяйственной деятельности Управления, создания материально — технических, бытовых и иных условий для успешного выполнения задач и функций, стоящих перед отделами Управления, и охраны труда.