Вишневая плодожорка предпочитает саженцы плодовых культур (черешня, вишня, яблоня, слива, айва, груша и др.), рассаду и саженцы ягодных культур (клюква, черника, голубика, брусника), ягоды клюквы, черники, плоды яблок, черешни, вишни, сливы, груши, персика. Внешние признаки поражения молодых побегов плодовых деревьев выражаются в увядании их кончиков, а также в образовании новых побегов из боковых почек пораженного побега. При поражении фруктов сквозь кожицу пораженных плодов вишни заметен узкий, коричневый ход, начинающийся от входного отверстия, расположенного обычно в центре темной, вдавленной площадки на поверхности плода. В случае поражения гусеницами яблок, под их кожицей могут быть найдены мины с личинкой внутри.